Cuando Adolf Hitler llegó al poder en 1933, el gobierno húngaro expresó su interés en concretar una alianza con la Alemania nazi. Los húngaros pensaban que la misma sería beneficiosa por el hecho de que los dos gobiernos tenían ideologías autoritarias similares, y porque los alemanes podrían ayudarlos a recuperar el territorio que habían perdido en la Primera Guerra Mundial. Durante los cinco años siguientes, Hungría se acercó cada vez más a Alemania. La Conferencia de Múnich de septiembre de 1938 le permitió a Alemania anexar la región de los Sudetes de Checoslovaquia. En noviembre, Alemania restituyó a Hungría una porción de territorio checo que anteriormente le había pertenecido, con el fin de fortalecer las relaciones entre ambos países. En agosto de 1940, Alemania también le entregó Transilvania del norte. En octubre de 1940 Hungría se unió a Alemania, Italia y Japón en la alianza del Eje. Hungría recibió territorios adicionales en marzo de 1941 cuando, a pesar de su alianza con el gobierno yugoslavo, participó en la invasión alemana y la partición de Yugoslavia. Para ese entonces, con todos su nuevos territorios, la población judía de la Gran Hungría alcanzaba los 725.000 habitantes, sin contar a unos 100.000 que se habían convertido al cristianismo pero que eran considerados racialmente judíos. Hungría comenzó a promulgar legislación antijudía poco después del Anschluss, la anexión de Austria por Alemania en marzo de 1938. Se aprobó una ley que reducía en un 80% la participación judía en la economía y las profesiones. En mayo de 1939, el gobierno húngaro limitó aún más a los judíos en el ámbito económico, clasificándolos no como un grupo religioso sino «racial». En 1939, Hungría creó el Sistema de Servicio Laboral Húngaro, al que debían incorporarse los varones judíos en edad militar, en el cual perecieron un sinnúmero de judíos. En 1941, el gobierno húngaro aprobó una ley racial, similar a las Leyes de Núremberg, que definía oficialmente quién debía ser considerado judío.
A pesar de las penurias causadas por estas leyes, la mayoría de los judíos de Hungría vivió en relativa seguridad durante la mayor parte de la guerra. Sin embargo, un grupo específico fue víctima de una tragedia en el verano de 1941: alrededor de 18.000 personas catalogadas al azar como «ciudadanos judíos extranjeros» fueron expulsadas de sus hogares y deportadas a Kamenets-Podolski en Ucrania, donde la mayoría fue asesinada a sangre fría. Otros 1.000 judíos de la zona que Hungría había tomado de Yugoslavia fueron masacrados a comienzos de 1942 por soldados y policías húngaros en su «cacería de partisanos».
Al tiempo que se aprobaban las leyes antijudías, la alianza húngaro-germana se fortalecía. En junio de 1941, Hungría resolvió unirse a Alemania en su guerra contra la Unión Soviética. En diciembre de 1941 acompañó al Eje en su declaración de guerra a Estados Unidos, rompiendo de ese modo sus relaciones con Occidente. Pese a ello, después de la derrota alemana en Stalingrado y otras batallas en las cuales Hungría perdió decenas de miles de soldados, el regente Miklos Horthy intentó retirarse de esta alianza. Esta decisión no fue aceptada por Hitler y en marzo de 1944 las tropas nazis invadieron Hungría para obligarla a permanecer leal. Hitler inmediatamente estableció un nuevo gobierno con Dome Sztojay, el ex embajador húngaro en Alemania, como Primer Ministro. Una unidad Sonderkommando encabezada por Adolf Eichmann que acompañaba al ejército de ocupación se encargó de aplicar la «Solución Final» en Hungría. Se aprobaron decretos antijudíos en forma inmediata y se organizaron Judenräte en todo el país, con unJudenrat central denominado Zsido Tanacs en Budapest, bajo la conducción de Samu Stern.
Los alemanes aislaron a los judíos al restringir sus movimientos y confiscar sus teléfonos y radios. Fueron obligados a usar el distintivo judío para su fácil identificación. Se confiscaron sus propiedades y comercios y entre mediados y fines de abril, se los instaló en guetos de breve existencia ya que tras pocas comenzaron las deportaciones. Entre el 15 de mayo y el 9 de julio, fueron deportados alrededor de 430.000 judíos húngaros, en su mayoría a Auschwitz, donde la mitad de ellos fue gaseada a su arribo. A comienzos de julio, Horthy detuvo las deportaciones, intentando todavía cortar los lazos de Hungría con Alemania. Para ese entonces, toda Hungría, salvo la capital Budapest, estaba judenrein («limpia de judíos»). Durante la primavera de 1944, Israel Kasztner, Joel Brand y otros miembros del Comité de Ayuda y Salvamento de Budapest comenzaron a negociar con las SS para salvar vidas. Un número significativo de judíos (quizás cercano a 8.000) huyó de Hungría, en su mayoría a Rumania, en muchos casos con la ayuda de integrantes de movimientos juveniles sionistas.
De julio a octubre, los judíos de Budapest vivieron con relativa seguridad. Sin embargo, cuando el 15 de octubre Horthy anunció públicamente el fin de su alianza con Alemania y su intención de hacer la paz con los Aliados, los alemanes se lo impidieron, derrocándolo y entregando el poder a Ferenc Szalasi y su partido Cruz Flechada, fascista y violentamente antisemita.
La Cruz Flechada introdujo de inmediato el reino del terror en Budapest. Cerca de 80.000 judíos fueron asesinados en las riberas del río Danubio y luego arrojados a él. Otros miles fueron obligados a desplazarse en Marchas de la Muerte hacia la frontera austríaca. En diciembre, durante el asedio soviético de la ciudad, 70.000 judíos fueron confinados en un gueto y miles de ellos murieron de frío, enfermedades y hambre.
Decenas de miles de judíos en Budapest fueron salvados durante el régimen de la Cruz Flechada por miembros del Comité de Ayuda y Salvamento y otros activistas judíos, especialmente miembros de los movimientos juveniles sionistas, quienes falsificaban documentos de identidad y les proporcionaban alimentos. Estos activistas trabajaron junto con diplomáticos extranjeros, como el sueco Raoul Wallenberg, el suizo Carl Lutz, el español Ángel Sanz Briz y otros, quienes brindaron protección internacional a muchos judíos.
Hungría fue liberada por el ejército soviético en abril de 1945. Aproximadamente 568.000 judíos húngaros habían muerto durante el Holocausto