Los primeros judíos que llegaron a México lo hicieron de España, con Hernán Cortés, en1519. Dos de ellos, Hernando Alonzo y Gonzalez de Morales fueron acusados de “Judaizantes” y quemados en la hoguera, en un Auto de Fe, en 1528. Es de notar que laInquisición en México aún no se fundaba, hecho que ocurrió el 4 de noviembre de 1571. Los cripto-judíos provenientes del sur de España, entre ellos la familia Carbajal, que al ser descubiertos por la autoridades de la jerarquía católica deciden inmigrar al norte de la Nueva España donde fundaron la ciudad de Monterrey. Una de las muchas tragedias contadas por esta comunidad es el martirio de Doña Isabel de Carbajal, juzgada por denominarse a sí misma practicante del judaísmo ante el Santo Oficio. Durante el siglo XVI llegaron Judíos Conversos (llamados también “marranos” o Cripto-Judíos) a costas mexicanas, escapando de la Inquisición y/o con ambiciones econםómicas iguales a las de sus contemporáneos gentiles. Ellos continuaron siendo perseguidos por la Iglesia durante los próximos 300 años. Al finalizar la Guerra de Independencia, en 1821, se abolió la Inquisición, sin embargo, la Religión Católica fue declarada como religión única y oficial de la nueva nación. A pesar de no poder declarar su fé en público, algunos descendientes de los Cripto-Judíos siguieron practicando costumbres mosaicas tales como el descanso el sábado, la abstención de la carne de cerdo, el prendido de velas el viernes por la noche, y el rezo a Yahveh. En el año de 1880, el Sr. Bonifacio Laureano Noyar comenzó a organizar una comunidad de descendientes de Judíos-Conversos,llamando a todos aquellos que practicaban los rituales arriba mencionados. Así, en 1920, se fundó la “Congregación Kahal Kadosh Bnei Elohim” en Venta Prieta colonia de Pachuca, Estado de Hidalgo.
La Inmigración Moderna
Entre los años de 1825 y 1860 llegaron a México judíos alemanes y de la Europa Occidental. El 4 de diciembre de de 1860 el presidente Benito Juárez decreta la Libertad de Cultos y al año siguiente los judíos europeos en la Ciudad de México alquilan una sala para llevar a cabo los rezos del año nuevo y Yom Kipur. Fue la primera vez que se hacia un rezo en forma abierta.
Entre los años de 1864 y 1867, durante el Segundo Imperio de Maximiliano, emigraron a México judíos franceses, belgas, y austrohúngaros.
A finales del siglo XIX, comenzaron a inmigrar judíos sefaraditas, principalmente de Siria(Damasco y Aleppo), así como de Turquía y abrieron la primera sinagoga del país, en 1912(ver más abajo).
A partir de ese año, continuaron llegando judíos sefarditas provenientes de la región de Siria, y hacia 1924, algunos más de Europa Oriental, en algunas ocasiones desviados hacia México debido a la entrada en vigor de la ley Johnson en los Estados Unidos. Tras la invitación hecha por el ex-presidente Plutarco Elías Calles llegaron al Puerto de Veracruzmás de 10,000 judíos askenazí, provenientes de Polonia, la Unión Soviética, Alemania,Italia, la República Checa, Eslovaquia, así como sefaraditas de Turquía.
Los judíos recién llegados trabajaban entre otras profesiones como vendedores ambulantes, boleros, aboneros, etc, en el centro de la ciudad de México y en ciudades de Puebla, Puerto de Veracruz, Córdoba y Guadalajara. En 1912 se fundó la primera organización judía, llamadaAlianza Monte Sinaí, y en 1923 la congregación queda registrada de manera oficial como asociación civil. Se reunieron judíos sefarditas para construir su primera sinagoga en 1927 llamada Redefe Sedek; en 1941 se construye la sinagoga azkenasi Nidje Israel. Durante la Segunda Guerra Mundial, fueron pocos los judíos que pudieron llegar a México como consecuencia de las persecución nazi.
En 1931 se publica el primer periódico judío de la ciudad de México (El Camino)en idioma Yidish.
Paulatinamente, algunos de los miembros de la comunidad judía se convirtieron en comerciantes establecidos e industriales. Los primeros inmigrantes de esta comunidad vivieron en vecindades del Centro Histórico de la Ciudad de México (en barrios populares como La Merced yTepito). Hoy en día se encuentran entre ellos empresarios, comerciantes e intelectuales (académicos, artistas y científicos) que se han establecido sobre todo en colonias como Hipódromo-Condesa, Polanco, las Lomas de Chapultepec, Santa Fe y las Lomas de Tecamachalco en Huixquilucan, Estado de México.
En septiembre de 2001 se calculó que la población judía del país era de 50,700 personas, 90% viviendo en el D.F y alrededores.[cita requerida]con 28 sinagogas.
El 10 % restante (unos 5000 judíos) se encuentran repartidos en pequeñas comunidades en Huixquilucan y Naucalpan (Satélite y Echegaray), también en las ciudades de Guadalajara, Zapopan (estas dos ciudades del estado de Jalisco), Monterrey, San Pedro Garza García (estas dos ciudades del estado de Nuevo León), Puebla de Zaragoza (en el estado de Puebla), en las colonias Venta Prieta y Zona Plateada de Pachuca en Hidalgo, Oaxaca de Juárez (en el estado de Oaxaca), Mérida (en el estado de Yucatán), Culiacán y Mazatlán (en el estado de Sinaloa), Nueva Rosita y Saltillo (en el estado de Coahuila), Zacatecas (en el estado de Zacatecas), Puerto de Veracruz,Córdoba, Tierra Blanca y Coatzacoalcos (en el estado de Veracruz) Cuernavaca (en el estado de Morelos) y Cancún (en el estado deQuintana Roo). Cabe hacer mencion que un grupo bastante nutrido para la epoca (1912) se etablecio en el Empalme Tamaulipas de donde obtuvo el nombre debido a la aglomeracion que estos causaron (antes se llamaba poblado Manuel Altamirano) Estos construyeron una sinagoga que ahora es reconocida por su arquitectura peculiar y que contrasta con las viviendas del poblado, esta esta ubicada en el centro del poblado a un lado de la plaza del pueblo.