Jonathan (Yoni), el hijo mayor de Zila (de soltera Segal; 1912–2000) y Benzión Netanyahu (1910–2012), profesor emérito de historia en la Universidad de Cornell; nació en Nueva York, 13 de marzo de 1946.
Zila había nacido en Petah Tikva , en lo que ahora es Israel, que entonces estaba en el Mutasarrifato de Jerusalén del Imperio Otomano , mientras que Benzión nació en Varsovia y emigró a Palestina en 1920. Recibió el nombre de su abuelo paterno, el rabino Nathan Mileikowsky y del coronel John Henry Patterson, quien anteriormente había comandado la Legión Judía y asistió a su circuncisión. Sus dos hermanos fueron Benjamín e Iddo. El primero, (apodado “Bibi”) fue elegido Primer Ministro de Israel en 1996, en 2009 y reelegido en 2013 , 2015 y 2020 . Iddo , el más joven de los tres, es radiólogo y escritor. Los tres hermanos sirvieron en Sayeret Matkal (la selecta unidad comando).
Hoy nos parece inconcebible, pero hubo un tiempo durante el que un avión era secuestrado cada mes, pues a principios de los 70 era una táctica habitual de los grupos armados palestinos para reclamar la liberación de prisioneros y para dar publicidad a su causa.
Ninguno de esos actos de terrorismo internacional llegó a ser tan famoso y tan políticamente relevante como el que derivó en la Operación Thunderbolt, más conocida como Operación Entebbe, y eso en parte explica que a lo largo de los últimos 40 años se hayan visto a la luz numerosas películas inspiradas en ella.
El vuelo 139 de Air France despegó de Tel Aviv a las 9 de la mañana del 27 de junio de 1976 con destino a París y había hecho una escala en Atenas. Allí, la falta de medidas de seguridad permitió que embarcaran en el avión dos estudiantes alemanes cofundadores del grupo de extrema izquierda Células Revolucionarias y dos miembros del Frente Popular Para la Liberación de Palestina.
Armados con pistolas y granadas, los cuatro asaltantes tomaron los controles de radio siete minutos después del despegue y ordenaron al capitán que desviara el vuelo a Benghazi (Libia) para repostar. En la madrugada del día siguiente el avión llegó al aeropuerto de Entebbe, en Uganda, país que acababa de convertirse en aliado palestino. Su líder, el dictador Idi Amin, había tomado el poder en 1971 y desde entonces se había convertido en una molestia para las potencias mundiales, en parte por sus malas ‘costumbres’, como matar a sus rivales políticos y alentar el genocidio.
Los raptores exigían liberar a 53 terroristas presos en Francia, Suiza, Alemania, Kenia e Israel
Instalados en una terminal abandonada, los secuestradores exigieron la liberación de 53 terroristas presos en Francia, Alemania Occidental, Suiza, Kenia e Israel. Los rehenes israelíes, niños entre ellos, fueron separados de los demás y sometidos a un trato más duro; y los temores que esa circunstancia despertó en ellos se intensificaron cuando, dos días después, los 148 pasajeros no israelíes fueron liberados.
Fue en ese momento cuando Israel se mostró en toda su gloria a través de la vida de Yonatan Netanyahu, quien comandó, en 1976, el rescate de Entebbe y liberó a decenas de rehenes israelíes cautivos en Uganda.
Yoni entró en las FDI en 1964 donde y sobresalió en la academia de oficiales por lo cual lo pusieron al frente de una compañía de paracaidistas. El 5 de junio de 1967, durante la Guerra de los Seis Días, su batallón combatió en la Batalla de Um Katef en el Sinaí. En la lucha por los Altos del Golán, Yonatan recibió una herida en un codo mientras ayudaba a un soldado herido. Después de la guerra de los seis días, Netanyahu fue a EE. UU. para estudiar en la Universidad de Harvard. Volvió a Israel un año más tarde debido a la Guerra de Desgaste. Siguió sus estudios en la Universidad Hebrea de Jerusalén, volviendo al servicio militar activo poco después. En la década de 1970 desarrolló a los Sayeret Matkal (fuerzas especiales israelíes), y en el verano de 1972 fue designado comandante en jefe de la unidad. Ese mismo año ordenó una incursión en la cual capturaron a oficiales sirios que fueron intercambiados por oficiales pilotos israelíes prisioneros en Siria. Al año siguiente participó en la Operación Primavera de Juventud, en la cual las referidas fuerzas especiales y el Mossad mataron a los terroristas y a una parte de la dirección de Septiembre Negro, el grupo terrorista de la OLP que había planificado la masacre de Múnich en 1972.
Durante la Guerra de Yom Kippur, en octubre de 1973, comandó la fuerza del Sayeret Matkal que en los Altos del Golán que eliminó a más de 40 comandos sirios en una batalla que frustró la reconquista de Siria de los Altos del Golán y también rescató al Teniente Coronel Yossi Ben Hanán, que estaba herido tras las líneas sirias.
Después de la guerra, le concedieron, por su conducta en tiempo de guerra, la medalla del servicio distinguido, la tercera condecoración militar más alta de Israel. Entonces se postuló voluntariamente para servir como comandante en el Ejército debido a las grandes bajas infligidas a los israelíes durante la guerra, con un número especialmente desproporcionado entre los oficiales. Netanyahu hizo el curso de oficial tanquista y le dieron el mando de una unidad que se convirtió en la principal en los Altos del Golán. En junio de 1975 dejó el Tzahal y volvió al Sayeret Matkal como comandante de la unidad.
Yoni Netanyahu murió en acción el 4 de julio de 1976, mientras comandaba la misión de rescate durante la Operación Entebbe . Shimón Peres , entonces Ministro de Defensa, dijo durante su sepelio que “una bala había desgarrado el joven corazón de uno de los mejores hijos de Israel, uno de sus guerreros más valientes, uno de sus comandantes más prometedores: el magnífico “Yonatan Netanyahu”